ولدَ خليل عبد الرحمن القارئ في مظفر أباد عام 1940 ودرس على يد الشيخ محمد سليمان في لاهور وعلى يد القارئ أنور الحق وحفظَ القرآن الكريم على يد الشيخ فضل كريم. ودرس القراءات على قراء باكستان والتحق بأحد معاهدها، وعمل في باكستان قارئًا بالإذاعة في منطقة مظفر أباد.
هاجر إلى مكة المكرمة عام 1963، ودَرّس مدرسي التحفيظ بمعهد الأرقم بن أبي الأرقم بالصفا والمسجد الحرام. انتقل بعدها إلى المدينة المنورة، وعُين مُدرسًا بمعهد المدينة المنورة التابع لجامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية، واستقر فيها وتفرغ فيه لتعليم القرآن الكريم.
لُقب بـ”شيخ أئمة الحرمين”؛ في إشارةٍ إلى أنَّ 6 من تلاميذه أصبحوا أئمة للحرم المكي. ويُعتبر رائد المدرسة الحجازية في قراءة وإقراء القرآن. ويعد أحد المؤسسين الذين شاركوا في تأسيس الجمعيات الخيرية لتحفيظ القرآن في السعودية وهو مُؤسس حلقات تحفيظ القرآن السعودية.
يذكر أن الشيخ محمد خليل القارئ تولى الإمامة بمسجد قباء، وكُلف في عامي 1437هـ و1438 هـ بالعمل إمامًا بالمسجد النبوي في صلاتي التراويح والتهجد، وفي يناير الماضي، نقل القارئ إلى العناية المركزة، إثر تعرضه لوعكة صحية.